референтный "0" (машинное обнуление "REF") и G91G28z0.x0.y0. (програмный выход в "0"), обычно, одни и те же координаты.
Вероятно Вы смотрите X абсолютных координат (ABS) а не машинных. Пришлите фотографию. Можно не в этом сервисе, я сам добавлю сюда.